CCleaner - отличная программа для очистки мусора в файловой системе, но
для чистки реестра желательно использовать какую-нибудь другую утилиту.
Есть программы, которые найденный в реестре мусор делят на 3 категории и
показывают разными цветами: зеленый - удаляйте спокойно, желтый -
неоднозначно, красный - лучше оставить. А CCleaner'ом чистить реестр
надо так: после получения списка записей в самом верху снять галку - все
галки в списке исчезнут, отметить ТОЛЬКО те строки, в бесполезности
которых вы уверены, и удалять. И сохранить резервную копию удаляемых
записей. Да и в опциях очистки файловой системы снимите те галки, что
вам не нужны. Тогда проблем не будет!